La glándula pineal es responsable de los ciclos circadianos y por lo tanto regula el sueño; esto mediante la hormona melatonina que se activa con la luz solar y decrece su producción en la noche. También produce la hormoa DMT que provoca estados alucinógenos, probablemente participa en la creación de sueños. Tiene ciertos efectos sobre la hipófisis en la producción de hormonas sexuales. Inhibe el crecimiento de huesos y otros órganos, por eso al afectarse provoca gigantismo o acromegalia.
La calcificación de esta glándula es común conforme avanza la edad, también se ha encontrado mayor taza de calcificación de la glándula en personas que padecen Alzheimer.
En las tradiciones esotéricas se la asocia con el séptimo chakra coronario o Sahasrara.